Qualitätsmanagement und Qualitätssicherung stellen ein wesentliches Element für eine effektive und effiziente Versorgung in der medizinischen Rehabilitation für Menschen mit substanzbezogenen Störungen dar.
Aus diesem Grundsatz resultiert, dass in allen vorher aufgeführten Behandlungsangeboten die Kriterien wie sie in § 137 d Abs. 1, 1a SGB V und im § 20 Abs. 1 SGB IX benannt sind, erfüllt werden.
Im Rahmen der externen Qualitätssicherung kommt das 5-Punkte Programm der Rentenversicherungsträger zum Tragen.

Die Fachklinik Emsland als Einrichtung des Geschäftsbereiches Suchtprävention und Rehabilitation verfügt über ein Qualitätsmanagementsystem nach DIN EN ISO 9001:2008 auf Basis des BAR-anerkannten CaSu-Qualitätsmanagement- rahmenhandbuches (BAR anerkanntes Verfahren) mit integriertem Managementsystem für den Arbeits- und Gesundheitsschutz (MAAS BGW) in den stationären Einrichtungen. Das Managementsystem der Einrichtung  ist seit 2005 durchgängig nach DIN EN ISO 9001 durch die ProCum Cert zertifiziert.